En 1905 el Ferrocarril del  Pacífico tomó a su cargo el Trasandino, la empresa continuó la obra pero no con un ritmo acelerado. En 1910 se inauguró y en 2 años multiplicó el monto de sus entradas brutas. Después vino la primera gran guerra y el resto de las obras necesarias para su eficaz funcionamiento quedaron por años inconclusas.
Las obras de construcción del lado chileno para la ejecución del ferrocarril comenzaron el 5 de abril de 1889 llegando hasta el Salto del Soldado en 1890, estableciéndose allí la punta de rieles para un servicio operado con pequeñas locomotoras cuando la revolución en Chile paralizó las obras y la compañía cayó en bancarrota siendo enajenada por el Estado de Chile.
Luego de un nuevo llamado a licitación, su propietaria pasó a ser la Transandine Construction Company, la que continúo los trabajos comenzados por los Clark, llegando a la localidad de Río Blanco en 1904 aunque la estación solo se inauguró en 1906, hasta Juncal en febrero de 1906, Portillo en febrero de 1908 y finalmente hasta la frontera en abril de 1910.  .
La obra, comenzada por los hermanos chilenos Juan y Mateo Clark, sufrió muchas demoras durante su realización, ya que además de los problemas de financiamiento y administración tuvieron que construirse puentes, túneles y cobertizos para protegerse de las avalanchas de tierra y nieve que suelen haber en la montaña.
Finalmente, el 5 de abril de 1910, tras 38 años de obras y sin los gestores originales del proyecto, se concluyó esta magnífica obra, comparable a las grandes obras de infraestructura de la época.
Don Juan Clark Torres ya había fallecido, el 18 de junio de 1907 a la edad de 68 años, Don Mateo Clark Torres falleció recién el 18 de Julio de 1929.